Interaction entre l'infection par le SARS-CoV-2 et le microbiote intestinal. Le tractus gastro-intestinal humain abrite des trillions de micro-organismes qui forment une communauté écologique connue sous le nom de microbiote intestinal, dont l'altération, appelée « dysbiose », a été associée à diverses maladies humaines. La diversité microbienne dans les échantillons fécaux de patients atteints de COVID-19 a été trouvée diminuée et accompagnée d'une enrichissement en pathogènes opportunistes, dont Clostridium hathewayi et les espèces de Ruminococcus.
Les données de 2 études qui ont utilisé le séquençage métagénomique ont montré que plusieurs commensaux bénéfiques tels que Faecalibacterium prausnitzii et Eubacterium rectale étaient épuisés dans les échantillons fécaux de cas de COVID-19.
F prausnitzii, un producteur majeur d'acides gras à chaîne courte (AGCC; cruciaux pour maintenir l'homéostasie intestinale) dans l'intestin avec un potentiel anti-inflammatoire en raison de l'induction de la production d'interleukine-10,7 a été trouvé en faible abondance dans les fèces des patients atteints de COVID-19 et avait une corrélation inverse avec la gravité de la maladie. [Harry Cheuk-Hay Lau]